Материалы по личному составу могли отложиться также в составе высших органов управления флотом:

• Приказ воинского морского флота (1698 – 1712, ф. 177)
• Адмиралтейская канцелярий (1707 – 1732, ф. 176)
• Адмиралтейств-коллегия (1717 – 1827, ф. 212)
• Департамент Морского министра (1803 – 1828, ф. 166), Канцелярия Морского министра (1827 – 1836, ф. 170) и другие учреждения Морского министерства
• Главный морской штаб (1884 – 1918, ф. 417)
• Морской генеральный штаб (1906 – 1918, ф. 418)

Большую часть документов РГАВМФ составляют фонды формирований флота: кораблей и судов, флотских экипажей, штабов и т.д. Имеются также фонды портов, крепостей, верфей, морских заводов, госпиталей морского ведомства и т.д. Важными для поиска являются также фонды морских учебных заведений (Морского кадетского корпуса, Морского Инженерного училища, Николаевской морской академии  и т.д.)

Из Архива Конгресса США в РГАВМФ были переданы копии материалов по истории Российско-американской компании и русских владений на Аляске (ф. 1375).

В РГАВМФ также ряд личных фондов деятелей флота дореволюционного (В.М. Головнина, В.А. Корнилова, рода Крузенштернов, А.В. Колчака) и советского периода.

В архиве хранятся также фонды формирований белогвардейских формирований морского и речного флота.

Документы РГАВМФ советского периода дают более широкие возможности для биографического поиска. Если известна часть, здесь могут быть сведения о рядовом составе или простых рабочих. Так, мы проводили исследование документов по полякам, работавшим на Кронштадтском морском заводе. В результате этой работы было выявлено несколько анкет с фотографиями и собственноручной подписью родственников заказчика.

По советскому периоду также имеется несколько коллекций материалов по личному составу:

• Послужные списки и личные дела командного и начальствующего состава Советского Военно-Морского Флота (ф. Р-2192) – основной фонд при поиске сведений об офицерах флота советского периода.
• Личные дела призывников Балтийского флота (ф. Р-2174)
• Материалы по личному составу (ф. Р-1477) – небольшой (около 400 дел) фонд, в котором также могут быть нужные материалы.
• Вахтенные и навигационные журналы судов Советского Военно-Морского Флота (ф. Р-172) – в журналах содержится, в том числе сведения о несении службы личным составом.

Значительную часть фондов советского периода составляют материалы флотов и флотилий (включая формирования внутри них: соединения кораблей, авиацию, артиллерию и береговую охрану, а также заводы, крепости, госпитали и т.д.), а также отдельных кораблей и судов.